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兩者的保護對象不同，前者保護的對象是產(chǎn)品，后者保護的對象是用途;兩者的保護范圍也不同。

根據專(zhuān)利法第11條的規定，專(zhuān)利申請獲得授權后，專(zhuān)利權人可以禁止他人實(shí)施其專(zhuān)利技術(shù)方案。對于醫藥產(chǎn)品發(fā)明專(zhuān)利而言，任何單位或者個(gè)人未經(jīng)醫藥產(chǎn)品發(fā)明專(zhuān)利權人許可，都不得實(shí)施其專(zhuān)利，即不得為生產(chǎn)經(jīng)營(yíng)目的制造、使用、許諾銷(xiāo)售、銷(xiāo)售、進(jìn)口其專(zhuān)利產(chǎn)品;對于醫藥用途發(fā)明專(zhuān)利而言，未經(jīng)醫藥用途發(fā)明專(zhuān)利權人許可，不得將其用于該用途。例如，甲擁有藥品X的專(zhuān)利權，乙擁有藥品X制備治療高血壓藥物的用途的專(zhuān)利權。由于甲可以禁止他人使用藥品X，所以乙在實(shí)施自己的專(zhuān)利權時(shí)仍然要經(jīng)過(guò)甲的同意;由于乙可以禁止他人將藥品X用于制備治療高血壓的藥物，所以甲如果將藥品X用于制備治療高血壓的藥物時(shí)仍然要經(jīng)過(guò)乙的同意。